Dawny klasztor Franciszkanów z późnego gotyku, przylegający do korpusu kościoła świętej Trójcy. Klasztor wybudowany na początku XVI wieku, swą funkcję pełnił kilkadziesiąt lat. Zdobywająca co raz większą popularność reformacja w Gdańsku, spowodowała upadek zakonu. W 1558 roku ostatni trzej mnisi, nie mogąc utrzymać budynku przekazali go pod zarząd Rady Miejskiej, z przeznaczeniem na uczelnie teologiczną. Powstało tu Gimnazjum Gdańskie, a od XVII wieku zwane Akademickim. Była to jedna z trzech najpopularniejszych szkół w Prusach, obok szkół w Elblągu i Toruniu. Przybywali do niej adepci nie tylko z Prus,także z krajów niemieckich, Węgier, nawet z karpackiego Spiszu. Uczelnia pełniła swą funkcje do początku XIX wieku. Po wojnach napoleońskich szkoła zawiesza działalność, a budynek popada w ruinę. Od 1844 roku budyniem zaopiekował się Rudolf Freitag, pochodzący z Wrocławia rzeźbiarz ale mieszkający stale w Gdańsku. Założył on tak zwane Muzeum Miejskie, Stadtmuseum, gromadzące sztukę dawną. Obok prehistorycznych znajdowanych w grobach urn twarzowych, były eksponowane pamiątki z Włoskich Pompei, rzeźby z rozbieranych gdańskich kamienic oraz osobliwości flory. W 1884 jego kolekcję uzupełniły zbiory gdańskiego Kunstgewerbemuseum, z którym się połączyło. W późniejszym okresie włączono do kolekcji muzeum, zbiory znanych gdańskich miłośników sztuki Lessera Giełdzińskiego i jakuba Kabruna. W okresie Wolnego Miasta Gdańska, muzeum było najbardziej liczącym się w mieście. W okresie drugiej wojny światowej, najbardziej wartościowe zbiory udało się uratować. Po wojnie zmienione nazwę na "Muzeum Pomorskie", do zbiorów dołączono ocalałe zabytki z Dworu Artusa, Bazyliki Mariackiej i innych kościołów. Od 1972 muzeum podniesione do rangi Muzeum Narodowego. W muzeum zobaczyć można kolekcje gdańskiego rzemiosła artystycznego i kolekcje sztuki gdańskiej: malarstwo, meble, rzeźbę, kowalstwo artystyczne. Malarstwo, głównie holenderskie i flamandzkie z XVI i XVII wieku, obrazy między innymi Jan van Goyena, Pietera Breugela młodszego, Alberta Cuypa, Jacoba van Ruisdaela. Zbiór ceramiki, złotnictwa i konwisarstwa, z których Gdańsk słynął. Działa tu też Galeria Sztuki Współczesnej. Jednak najcenniejszym obrazem, perłą wśród całego zbioru muzeum jest tryptyk Hansa Memlinga, Sąd Ostateczny, powszechnie uważany za najcenniejszy obraz obcy w zbiorach polskich.